媒體報導，水利會收歸國有後，發生水路破損淹水等情事都無人處理。行政院農業委員會農田水利署10日回應，由國家直接整合跨部門資源，能處理日益複雜困難的農田水利水源規劃、調度、防災等課題，服務效率顯著提升。

媒體報導，農田水利會收歸國有時，農水署、農委會曾經承諾，會嘉惠農民、有水可用，但過了近2年時間，水路破損喊沒錢修、水閘門沒人管淹水，農事處理效率變慢，農民完全沒感受到官派後的服務。

農委會農田水利署發布新聞稿表示，水利會於2020年10月1日由公法人改制納入公務機關，主因社會環境轉變，水利會已無法充分發揮公法人制度功能；且為因應氣候變遷，由政府直接統籌規劃水利建設及管理農業水資源，並即時處理乾旱及水患事件，同時也能以一致作業，處理灌溉水質污染案件，保護灌溉水質，確保全國人民食用農產品安全。

農水署進一步說明，水利會改制後其資產成立農田水利事業作業基金，專款專用於農田水利事業，政府撥充農田水利事業作業基金的農田水利建設經費，由2021年的新台幣41億元，2022年成長至52億元，2023年更可望大幅提高至70億元。

在農業灌溉用水部分，原水利會水權，改制後由各管理處管理，繼續服務農民，並依水利法農業水權使用優先於工業水權運作，未有犧牲農民用水權益。

農水署以去年百年大旱為例，在枯旱嚴峻情勢下，仍能順利完成23萬6000公頃供灌並順利收成，其餘配合支援民生用水7萬4000公頃停灌農地，超過9成農民在1個月內即拿到停灌補償，較之以往水利會發放停灌補償金長達6個月。

防災部分，農水署指出，汛期前透過圳路清淤及閘門檢查，確保水路通暢及設施功能正常，並經公開招標，訂有開口合約，遇有水圳需用機具進行清疏工作時，可隨時請廠商前往處理，2022年度清淤量達8萬5000立方公尺，同時各管理處亦經公開招標訂定開口合約即時處置災害緊急狀況。

農水署表示，在水利會時期，台灣有一半的農田沒有辦法享受到灌溉服務，改制後的1年9個月內，興辦27處農田水利建設，提供3.2萬頃農田穩定的灌溉用水，讓4萬多名農民不再飽嚐缺水之苦；預計將於2025年擴增到8.8萬公頃。